1.7 Session de travail

Comme vous avez pu le constater dans les sections 1.6 et 1.4.1, il est nécessaire de connaître les chemins vers les fichiers que vous souhaitez utiliser dans votre code R. Si tous ces fichiers sont organisés dans un même dossier (ce que nous vous recommandons à la figure 1.19), il est possible de définir un répertoire de travail avec la fonction setwd. Il est recommandé d’effectuer cette étape au début de votre code R, après le chargement des packages. Ainsi, vous n’aurez pas besoin de réécrire à chaque fois le chemin complet pour accéder à vos fichiers.

# Chemin complet
mes_donnes <- read.csv("C:/projets/articles/2022/mon_projet/data/mes_donnes.csv")

# Utilisation de setwd
setwd("C:/projets/articles/2022/mon_projet")
mes_donnes <- read.csv("data/mes_donnes.csv")

La fonction getwd permet d’afficher le répertoire de travail utilisé actuellement par R.

Si vous utilisez RStudio, il est possible d’utiliser une petite astuce pour définir comme répertoire de travail le dossier dans lequel se trouve le fichier de code R que vous utilisez actuellement :

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Admettons que votre code R se trouve dans un sous dossier appelé CodeR de votre répertoire de travail, vous pouvez remonter d’un niveau dans votre arborescence en utilisant la syntaxe suivante :

setwd(paste0(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path), "/.."))

Le double point (..) indique que nous souhaitons remonter dans le dossier parent du dossier dans lequel nous se trouvons acutellement.

Il existe deux solutions de rechange à l’utilisation de setwd que certains jugent un peu démodé.

  • La première est le package here permettant de spécifier plus facilement des chemins relatifs et de définir un top-level directory pour votre projet.
  • La seconde est l’utilisation de la fonctionnalité projects de RStudio.